Inostranstvo
Butterfly Conservation Europe je organizacija koja obuhvata nacionalne organizacije za zaštitu leptira u zemljama Evrope. HabiProt je imao dugu i plodnu saradnju sa ovom institucijom, a od 2011. je postao njen partner. To treba još više da ojača veze sa organizacijama uključenim u zaštitu leptira. O mestu i ulozi HabiProta u ovoj panevropskoj mreži možete više saznati sa sajta BCE.

Odlična saradnja postoji sa organizacijom Vlienderstichting iz Holandije i sa brojnim pojedincima iz Bosne i Hercegovine, Slovenije, Bugarske, Belgije, Francuske, SAD, Velike Britanije, Slovačke, Mađarske, Ukrajine, Rumunije i Španije.

Srbija
Sarađujemo sa drugim nevladinim organizacijama uključenim u zaštitu životne sredine. Najbolji partneri su nam do sada Protego, Društvo za zaštitu i proučavanje ptica Srbije, Kraljevsko akademsko prirodnjačko društvo "Balkan", Biološko društvo "Dr Sava Petrović", Srebrna glava i istraživačka stanica Petnica.